Konoha je zo vzduchu napadnutá ninjami zo Zeme Oblohy, ktorá bola zničená cez druhú veľkú vojnu. Zatiaľ čo Shikamaru, Kakashi, Shino a Sai sa dostanú k nepriateľskej základni a snažia sa ju zničiť, Naruto sa stretáva s neznámym mužom, doktorom Shinnom, a s Amaru, Shinnovou žiačkou, ktorí pomáhajú zraneným. Spolu so Sakurou a Hinatou ich potom eskortujú späť do dediny, náchádzajúc ju zničenú. Amaru naletí do pasce, no Shinno ju sebaobetovaním zachráni. Naruto začne spolu s Amaru pátranie po dedinčanoch, narazia však na staré ruiny, ktoré sa napokon ukážu ako lietajúca pevnosť Ancor Vantian, riadená práve Shinnom, ktorý svoju smrť len predstieral a za pomoci Reibiho - Bezchvostého, chce zničiť ostatné krajiny. Do boja sa prekvapivo zapojuje aj Sasuke, odhodlaný splniť svoju vlastnú misiu danú Orochimarom.