Yamatov tým má zastaviť ďalšieho blázna, snažiaceho sa dobyť svet. Bábkarsky nukenin Mukade chce ovládnuť Dračí tep - žriedlo nekonečnej čakry ukryté v ruinách mesta Rouran a chránené pečaťou Štvrtého. Pečať je však prelomená a Naruto sa preberie v minulosti, kedy je Rouran na vrchole moci, chránený bojovými bábkami... a ľudoprázdny. Stretne sa s mladou Sárou, ktorá po vražde svojej matky zdedila kráľovský titul a schopnosť ovládať Dračí tep, ako aj so skupinou ninjov z Listovej, vedených Minatom. Ich úlohou je zneškodniť Mukadeho z budúcnosti, ktorý v roli ministra buduje mocnú bábkovú armádu. Naruto musí ochrániť Sáru pred vražednými intrigami a pomôcť jej oslobodiť jej ľud z otroctva. Zároveň treba poraziť Mukadeho a znova zapečatiť Dračí tep, aby sa mohol vrátiť do svojej prítomnosti.